当社の水野ひなのらが行った研究成果が、Methods in Ecology and Evolutionに掲載されました。
生物から環境中に放出される環境DNAは、生物を直接捕まえることなく情報を得られる手法として、生物多様性保全や水産分野で注目されています。特に希少種保全や養殖の現場では、個体を傷つけずに遺伝的な違いを把握する技術が求められています。従来の環境DNA研究では、DNAが水中で断片化しやすいという性質から、数百塩基程度の短いDNA領域に限定した解析が主流でした。しかしこの方法では、近縁種の識別や個体レベルの遺伝的差異を十分に解析できないという課題がありました。
本研究では、水中に残存する比較的長いDNA断片に着目し、ロングリードシーケンス技術を用いて魚類の完全なミトコンドリアゲノムを環境DNAから再構築する手法を開発しました。特に、PCR*を必要としない点が特徴であり、PCR過程で生じるバイアスを抑え、環境中に存在するDNAの状態をより忠実に反映した解析が可能になります。水槽環境での検証により、ろ過条件やDNA抽出法を最適化することで、長いDNA断片の回収と完全な配列の再構築が可能であることを示しました。また、得られた配列の比較により同一種内の遺伝的な違いを検出できることを示しました。この技術は、非侵襲的に個体群内の変異や遺伝的多様性を評価できる可能性を示すものです。将来的には、保全対象種の遺伝的モニタリングや養殖業などにおける資源管理を、非侵襲的かつ効率的に支える基盤技術となることが期待されます。
*PCR：微量のDNAを人工的に増幅するために広く用いられる分子生物学的手法
タイトル: Non-invasive Reconstruction of Complete Mitochondrial Genomes from Aquatic Environmental DNA Using PCR-free Long-read Sequencing
著者: Mizuno, H., Tanaka, H., Furuta, Y., Muramoto, N.
掲載誌: Methods in Ecology and Evolution
掲載日: 2026年1月1日